基本的に顎関節症の診断は、消去法で行われます。次の「顎関節症と鑑別を要する疾患あるいは障害」を除外した後、症型の樹形図をもとに顎関節症であるかどうかを正確に見極めていきます。
■Ⅰ.顎関節症以外の顎関節・咀嚼筋の疾患あるいは障害
■Ⅱ.顎関節・咀嚼筋の疾患あるいは障害以外の疾患
1.頭蓋内疾患(出血、血腫、浮腫、感染、腫瘍、動静脈奇形、脳脊髄液減少症など)
2.隣接臓器の疾患
①歯および歯周疾患(歯髄炎、根尖性歯周組織疾患、歯周病、智歯周囲炎など)
②耳疾患(外耳炎、中耳炎、鼓膜炎、腫瘍など)
③鼻・副鼻腔の疾患(副鼻腔炎、腫瘍など)
④咽頭の疾患(咽頭炎、腫瘍、術後瘢痕など)
⑤顎骨の疾患(顎・骨炎、筋突起過長症、腫瘍、線維性骨疾患など)
⑥その他の疾患(茎状突起過長症、非定型顔面痛など)
3.筋骨格系の疾患(筋ジストロフィーなど)
4.心臓・血管系の疾患(側頭動脈炎、虚血性心疾患など)
5.神経系の疾患(神経障害性疼痛、三叉神経痛・舌咽神経痛・帯状疱疹後神経痛などの各種神経痛、
筋痛性脳脊髄炎、末梢神経炎、中枢神経疾患、破傷風など)
6.頭痛(緊張型頭、片頭痛、群発頭痛など)
7.精神神経学的疾患(抑うつ障害、不安障害、身体症状症、統合失調症スペクトラム障害など)
8.その他の全身性疾患(線維筋痛症、血液疾患、Ehlers-Danlos 症候群など)